Katika mfumo wa uongozi Kamanda Mkuu wa JKU ni Rais wa Zanzibar na Mwenyekiti wa Baraza la Mapinduzi [Sheria namba 6 ya mwaka 2003, kifungu 6 (1)]. Kutokana na mfumo huo JKU inakuwa chini ya Wizara ya Nchi afisi ya Rais Tawala za Mikoa na Idara Maalum za SMZ ambayo huongozwa na Waziri husika wa Wizara hiyo. Katika Uongozi wa JKU wenyewe, Mkuu wa JKU anakuwa Mkuu wa Jeshi akisaidiwa na Mkuu wa Utawala ambae ndie Mtendaji Mkuu wa Majukumu ya kila siku. Kufatana na mfumo huu wa kiutendaji muundo wa JKU unakuwa kama ifuatavyo:-
Kamanda Mkuu wa JKU (Rais wa Zanzibar na Mwenyekiti wa Baraza la Mapinduzi Waziri wa Wizara ya Nchi (OR) Tawala za Mikoa na Idara Maalum za SMZ

Mkuu wa JKU

Mkuu wa Utawala

Wakuu wa Maidara

Wakuu wa Zoni

Wakuu wa Vikosi

Wakuu wa Kambi

Wakuu wa Vyuo

Wakuu wa Vituo